Bienvenida
GAUSSIAN 
Gaussian. Partiendo de las leyes básicas de la mecánica cuántica, predice las energías, estructuras moleculares y frecuencias de vibración de sistemas moleculares, junto con las diversas propiedades moleculares que se derivan. Permite realizar cálculos mecano-cuánticos de estructuras electrónicas tanto a nivel ab initio como a nivel semiempírico.
Accesibilidad
| Máquina | Versiones disponibles |
Versión Paralela |
Instrucción de llamada |
| Altix (obacs) |
G09 Rev.
A.02 |
Sí |
g09a2 |
| G03 Rev. E.01 | Sí | g03e1 |
|
| G03 Rev. D.02 | Sí | g03d2 |
|
| G03 Rev. C.02 | Sí | g03c2 | |
| CP4000 (cadi) |
G09 Rev. A.02 | Sí | g09a2 |
| G03 Rev. E.01 | Sí | g03e1 | |
| G03 Rev. D.02 | Sí | g03d2 | |
| G03 Rev. C.02 | Sí | g03c2 | |
| NovaScale (prades) |
G09 Rev. A.02 | Sí | g09a2 |
| G03 Rev. E.01 | Sí | g03e1 | |
| G03 Rev. D.02 | Sí | g03d2 |
Las novedades más destacadas en esta versión Gaussian09 son, entre otras:
- Mejoras en la implementación del ONIOM,
así como también nuevas funcionalidades
de este método.
- Gran número de nuevos funcionales DFT,
incluyendo los que incorporan correcciones para la
correlación electrónica de largo alcance
y tambien correcciones empíricas a la
dispersión electrónica. También se
han añadido los funcionales de nueva
generación 'double hybrids'.
- Nuevos métodos mejorados para testar las
estructuras de transición, como el IRD.
- Nuevas herramientas para el estudio de estados
excitados, tanto en fase gas como en
disolución.
- Notable aumento en el numero de herramientas de
solvatación y también gran número
de disolventes disponibles. También hay nuevos
algoritmos par el cálculo de caminos de
reacción.
- Mejora en el cálculo de las transformadas integrales en algunos métodos post-HF, como en el MP2, mejorando su velocidad.
- Nueva opción para guardar las amplitudes
convergidas de cálculos Coupled Cluster, para
utilizarlos en posteriores cálculos (con una
base más grande por ejemplo).
Para un listado detallado de todas las opciones del
programa podeis consultar la pàgina oficial del
Gaussian09.
Descripción de la
versión Gaussian03
- Método ONIOM, que permite modelar grandes moléculas definiendo dos o tres capas que son tratadas con diferente nivel de teoría.
- Análisis conformacional vía constantes de acoplamiento spin-spin.
- Métodos PBC, que permiten estudiar sistemas periódicos mediante la repetición de una celda unidad.
- Cálculo de espectros y propiedades espectroscópicas (IR, Raman, UV-Visible, NMR, VCD, ECD, ORD).
- Modelo PCM para estudiar sistemas en disolución.
- Cálculos de dinámica molecular.
Utilización
La sintaxis es:
Instrucción_de_llamada [path/]fitxer-dades [path/]fitxer-resultats
donde intrucción_de_llamada es alguna de las listadas en la tabla anterior, según la versión que se desee utilizar (g, g03b2, etc...). Si no se especifica fichero de resultados, éstos irán a parar al mismo directorio que el fichero de datos. Los ficheros intermedios se crean en el directorio $TMPDIR, que es el área de trabajo temporal establecida en cada máquina.
module load gaussian/versió
donde versión es una de las disponibles en la máquina de trabajo, y puede consultarse con
module avail
Para su ejecución en modo batch pueden consultarse los ejemplos que se encuentran en el directorio '/usr/local/examples'.
Instrucción_de_llamada [path/]fitxer-dades [path/]fitxer-resultats
donde intrucción_de_llamada es alguna de las listadas en la tabla anterior, según la versión que se desee utilizar (g, g03b2, etc...). Si no se especifica fichero de resultados, éstos irán a parar al mismo directorio que el fichero de datos. Los ficheros intermedios se crean en el directorio $TMPDIR, que es el área de trabajo temporal establecida en cada máquina.
module load gaussian/versió
donde versión es una de las disponibles en la máquina de trabajo, y puede consultarse con
module avail
Para su ejecución en modo batch pueden consultarse los ejemplos que se encuentran en el directorio '/usr/local/examples'.
Consejos para trabajar
eficientmente:
1. Algoritmos de
cálculo: El programa selecciona el
algoritmo más eficiente, dadas las
restricciones de memoria y disco impuestas. Para
cálculos SCF, el procedimiento por defecto es
SCF=DIRECT.
2. Gestión de
memoria: Por defecto se utiliza %Mem=6000000.
La especificación de una cantidad más
grande de memoria favorece las metodologías
que pueden trabajar con almacenamiento de integrales
in-core (HF, MP2, etc...), pero hay que tener en
cuenta los siguientes puntos:
- Para que un trabajo Gaussian que pide una
determinada memoria se ejecute bien, se tiene que
enviar a un nodo que sea capaz de acomodarla toda
en memoria real. Las especificaciones de las
máquinas disponibles se encuentran en la
página de supercomputación.
- Es preferible enviar un trabajo de prueba con 40-80 MW y fijarse en el comportamiento de Gaussian. Mensajes tipo
Would need an additional 1809148 words for in-memory AO integral storage DD1Dir will call FoFDir 2 times,
MxPair= 432 Keep R1 integrals in memory in canonical form, NReq= 8521776
son indicativos de los requisitos para sacar el máximo provecho de la memoria sin forzar el sistema. Por favor, consulten el apartado Efficiency Considerations del manual de Gaussian par ver los requisitos de memoria según metodología y funciones de base.
- Requisitos para trabajos paralelos: En el caso de trabajos paralelos es necesario aumentar el valor de la memoria que se indica vía la keyword %mem en el fichero de datos. Como regla general un cálculo paralelo que use N procesadores necesitará como mínimo N veces la memoria del trabajo secuencial. Es decir, si el cálculo con un solo procesador necesita 10 MB de memoria, para realizarlo con 4 procesadores será necesario especificar en el fichero de datos %mem=40MB. Hay que tener en cuenta que en el caso de que la memoria sea insuficiente, Gaussian disminuirá de forma automática el número de procesadores usados. Cuando esto pasa observaréis en el fichero de salida mensajes del tipo:
PrsmSu: requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda
Por lo tanto, siempre que se inicia un
cálculo paralelo conviene inspeccionar el
fichero de resultados y en caso que detectemos este
problema será necesario cancelar el trabajo
y reenviarlo con una cantidad de memoria más
grande para trabajar de forma eficiente y usar
todos los recursos que nos han sido asignados.
3. Gestión de
disco: Es muy recomendable utilizar siempre la
opción maxdisk., a pesar de que la memoria
requeria para el cálculo sea muy inferior a la
disponible en el nodo. Encontraréis
información detallada sobre los requisitos de
disco para las diferentes metodologías en el
manual de Gaussian.
Documentación
Se puede encontrar más información detallada en el manual de Gaussian09 que incluye tanto Gaussian09 User's Reference como el IOps Reference.
