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GROMACS 
GROMACS es un programa de simulación de dinámica molecular que utiliza las ecuaciones Newtonianas del movimiento para sistemas de centenares a millones de partículas. Se distribuye de forma gratuita bajo una GNU General Public License.
Accesibilidad
Disponemos de las siguientes versiones:
| Máquina | Versión | Versión Paralela |
Instrucción de llamada |
| Altix (obacs) | 3.3.1 |
SÍ |
grompp mdrum |
| CP4000 (cadi) | 3.3.1 |
SÍ |
gromp mdrum |
Descripción
GROMACS fue especialmente diseñado para realizar simulaciones de moléculas bioquímicas, como proteínas y lípidos, con un gran número de interacciones. Dada su gran rapidez, también se utiliza para realizar simulaciones de moléculas no biológicas como los polímeros.
GROMACS soporta los algoritmos comunes que cualquiera espera encontrar en una ejecución de dinámica molecular moderna. Pero además incorpora otras funcionalidades:
- Todos los programas utilizan una interfaz sencilla con opciones de la línea de instrucciones para los ficheros de entrada y de salida. También tiene integrada una interfaz gráfica de usuario disponible para todos los programas.
- Mientras se ejecuta la simulación, GROMACS informa continuamente hasta donde ha llegado, y qué día y a qué hora prevé que finalice.
- Tanto los ficheros de entrada como las trayectorias pueden ser leídos por cualquier versión de GROMACS, incluso si fue compilado utilizando una precisión diferente de coma flotante.
- GROMACS contiene una gran selección de herramientas flexibles para el análisis de trayectorias.
- Incluye un visualizador básico de trayectorias. Además diversas herramientas externas de visualización pueden leer los formatos de los ficheros GROMACS.
- El paquete incluye un constructor topológico de proteínas totalmente automatizado, incluso para estructuras multiméricas.
Utilización
Para utilizar GROMACS es necesario cargar las variables de
entorno mediante el módulo correspondiente. Se puede
encontrar mas información del entorno de
módulos en las sección
Environment Modules.
La mejor manera de iniciarse en el uso del programa es consultar las referencias en línea. Además, todos los programas disponen de las páginas man. Finalmente, la opción -h nos proporcionará las instrucciones de utilización para cada programa.
También es muy recomendable consultar el manual.
Para la ejecución de la dinámica molecular, en primer lugar ha de crearse el fichero input .tpr mediante el comando:
grompp -v
Es necesario que en el directorio de trabajo estén los ficheros de entrada de nuestro sistema a simular: .mdp,.top y .gro. Hay programas, como What If, que permiten generar inputs de Gromacs.
A continuación puede ejecutarse la simulación con el comando:
mdrun -v
Para visualizar los resultados de la simulación puede utilizarse el programa VMD o otros com el Rasmol, gOpenMol, PyMol... Para más información de qué programas permiten analizar los resultados de Gromacs consultad su página web.
La mejor manera de iniciarse en el uso del programa es consultar las referencias en línea. Además, todos los programas disponen de las páginas man. Finalmente, la opción -h nos proporcionará las instrucciones de utilización para cada programa.
También es muy recomendable consultar el manual.
Para la ejecución de la dinámica molecular, en primer lugar ha de crearse el fichero input .tpr mediante el comando:
grompp -v
Es necesario que en el directorio de trabajo estén los ficheros de entrada de nuestro sistema a simular: .mdp,.top y .gro. Hay programas, como What If, que permiten generar inputs de Gromacs.
A continuación puede ejecutarse la simulación con el comando:
mdrun -v
Para visualizar los resultados de la simulación puede utilizarse el programa VMD o otros com el Rasmol, gOpenMol, PyMol... Para más información de qué programas permiten analizar los resultados de Gromacs consultad su página web.
Ejemplos
En el directorio /usr/local/examples de todas
las máquinas encontraréis dos ficheros de
ejemplo (gromacs.lsf i
gromacs_mpi.lsf) para enviar trabajos al
batch de forma
secuencial y paralela respectivamente.
Documentación
Podéis encontrar más información en la
página de GROMACS.
