Jaguar

Jaguar es un programa de elevadas prestaciones que realiza cálculos mecanocuánticos a nivel ab initio, permitiendo hacer simulaciones tanto en fase gas como en disolución, y que es particularmente rápido en sistemas que contienen átomos metálicos. Su rapidez, superior a la de los códigos que utilizan métodos convencionales, se basa en la aplicación de una versión modificada del método pseudospectral para resolver las ecuaciones de la estructura electrónica.

Accesibilidad

Las siguientes versiones están disponibles:

Máquina	Versión	Versión Paralela	Instrucción de llamada
Altix (obacs)	6.5	Sí	jaguar
	7.0	SÍ	jaguar
	7.5	SÍ	jaguar
CP4000 (cadi)	6.5	SÍ	jaguar
	7.0	SÍ	jaguar
	7.5	SÍ	jaguar
NovaScale (prades)	7.5	SÍ	jaguar

Descripción

Algunas de las funcionalidades más importantes del programa son:

Cálculo de las energías y las funciones de onda a diferentes niveles de teoría que incluyen:
- Método Hartree-Fock tanto para capas cerradas (RHF) como para capas abiertas (ROHF, UHF).
- Teoría de perturbaciones Møller-Plesset (MP2) y Møller-Plesset local (LMP2) a segundo orden incluyendo opciones de frozen core para capas cerradas y abiertas.
- Density Functional Theory (DFT) que incluye métodos híbridos y cálculos DFT de capas abiertas cerradas.
- Método Generalized Valence Bond (GVB) , capas cerradas y abiertas hasta 50 pares, que incluyen diferentes tipos de cálculos: GBV-RCI (Restricted Configuration Interaction), GVB-LMP2 (multiconfigurational pertorbation theory) y GVB-DFT.

Cálculos incluyendo la solvatación a nivel HF, DFT, LMP2 o GVB y estudio de diversas propiedades de los sistemas solvatados.

Optimizaciones geométricas de sistemas moleculares y de estados de transición en fase gas y disolución en coordenadas cartesianas y coordenadas internas a nivel HF, DFT, LMP2 o GVB utilizando gradientes analíticos.

Cálculo de constantes de fuerza en sistemas en fase gas o disolución a nivel HF, DFT, LMP2 o GVB.

Cálculo de diferentes propiedades moleculares: análisis de población, momentos multipolares, propiedades termoquímicas, etc.

Permite utilizar un ámplio abanico de conjuntos de funciones de base incluyendo conjuntos que utilizan Efective Core Potencials (ECP) de Hay-Wadt para metales de transición y de Cundari-Stephens para los lantánidos.

Permite trazar coordenadas de reacción entre reactivos, productos y estados de transición, y generar superficies de energia potencial.

Maestro es un entorno de visualización molecular que sirve como interfaz gráfica para todo el software de Schrödinger, incluyendo Jaguar. Es una herramienta de fácil uso que sirve para construir, visualizar y compartir modelos químicos tridimensionales. Su uso combinado con Jaguar permite preparar ficheros de entrada de datos, y monitorizar y visualizar gráficamente los resultados obtenidos.

Utilización

Para ejecutar el programa, es necesario cargar las variables de entorno mediante el módulo correspondiente. Se puede encontrar más información sobre el entorno de módulos en la sección Environment Modules.
Para utilizar Maestro, es necesario exportar el display hacia vuestra máquina. Podéis hacerlo de dos maneras:

Al conectaros via ssh tenéis que añadir la opción -X para que a través del túnel ssh se transfiera el valor de la variable de entorno $DISPLAY de vuestra estación de trabajo a la máquina remota a la que os conectáis. Este es el procedimiento que en principio se seguiría para ejecutar cualquier aplicación X-windows de una máquina remota.

Seguir el siguiente procedimiento, en que se da explícitamente el valor de la variable de entorno $DISPLAY :

1. Desde la estación de trabajo:
xhost + cadi.cesca.es

2. Desde cadi hacer una emulación de terminal:
ksh/bash: export DISPLAY=hostname:displaynumber.screennumber
csh/tcsh: setenv DISPLAY hostname:displaynumber.screennumber

3. Arrancar el programa:
maestro

Desde la línea de comanda, Jaguar se ejecuta con:
jaguar run [run-options] input-file

Ejemplos

Podéis consultar ejemplos de como enviar trabajos Jaguar al gestor de colas, tanto secuenciales como paralelos, en el directorio /usr/local/examples de cada una de las máquinas.

Documentación

La interfaz gráfica incorpora un manual en línea que se activa con la opción Help.

Los manuales, tanto de Jaguar como de Maestro, se pueden encontrar en formato pdf en el directorio /prod/JAGUAR/doc de cada una de las máquinas.

Se puede encontrar más información en su página web.