VMD

VMD es un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares, utilizando gráficas en 3-D y scripts ya preparados.

Accesibilidad

Dispone de las siguientes versiones:

Máquina	Versiones disponibles	Versión paralela	Instrucción de llamada
Altix (obacs)	1.8.2	No	vmd
CP4000 (cadi)	1.8.3	No	vmd

Descripción

VMD fue diseñado para la visualización y análisis de sistemas biológicos, como las proteínas y los ácidos nucleicos entre otros. También puede ser utilizado para ver moléculas más generales, ya que VMD puede leer los ficheros del Protein Data Bank (PDB) estándares y exponer la estructura contenida.

VMD proporciona una amplia variedad de métodos para representar y colorear una molécula: puntos sencillos y líneas, cilindros y esferas CPK, vínculos en forma de barras, tubos y cintas, etc. Puede ser utilizado para animar y analizar la trayectoria de una simulación de dinámica molecular (MD).

En la página “¿Qué es VMD?” de la web de VMD podéis encontrar información sobre las características más importantes de este programa.

Utilización

Para ejecutar VMD es necesario que carguéis las variables de entorno mediante el módulo correspondiente, haciendo

modules load vmd/version

También es necesario permitir que vuestra estación de trabajo local acepte conexiones al servidor de las X desde la máquina en la que queráis trabajar y exportar el display desde la máquina remota.

La mejor forma de iniciarse en el uso del programa es consultar el tutorial de VMD. Este tutorial proporciona una primera introducción a VMD y a sus capacidades básicas.

También es muy recomendable consultar la guía del usuario.

Documentación

Podéis encontrar más información en la página de VMD.