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ADF 
Amsterdam Density Functional es un programa mecano-cuántico para sistemas poliatómicos que implementa la teoría del funcional de la densidad (DFT) utilizando funciones de base de tipo Slater.
- Accesibilidad
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Se dispone de las siguientes versiones:
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Máquina
Versiones disponibles
Versión Paralela
Instrucción de llamada
Altix adf2004.01 Sí adf2004.01 adf2005.01b Sí adf2005.01b GS1280
adf2002.03 Sí
adf2002.03 adf2004.01 Sí adf2004.01 HP rx2600
adf2004.01 Sí adf2004.01 HPC320
adf2002.01 No adf2002.01 adf2002.03 Sí adf2002.03 adf2003.01 No adf2003.01 adf2004.01 Sí adf2004.01
Descripción
- ADF se puede utilizar en un gran abanico de campos de la ciencia que incluyen la espectrocopia molecular, la química orgánica e inorgánica, la química farmacéutica y la ciencia de los materiales. Las principales funcionalidades del programa son:
- Cálculos puntuales de la energía.
- Optimizaciones de geometría.
- Búsqueda de estados de transición.
- Cálculos de frecuencias y de propiedades termodinámicas.
- Establecimientos de caminos de reacción.
- Cálculo de cualquier configuración electrónica.
- Energías de excitación e (hiper)polarizabilidades, utilizando la teoría del funcional de la densidad dependiendo del tiempo (TDDFT).
- Determinación de desplazamientos químicos en espectros NMR.
- Cálculo de los coeficientes de Van der Waals.
- Tratamiento de sistemas grandes y su entorno utilizando la aproximación QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics).
- Tratamiento de los efectos relativísticos con aproximación escalar y spin-órbita utilizando el formalismo ZORA (Zero Order Regular Aproximation) o el formalismo de Pauli.
- Descomposición de la energía de enlace en los componentes que responden a conceptos químicos relevantes (interacciones estéricas, repulsión de Pauli, interacciones orbitálicas..).
- Representación de los resultados (coeficientes moleculares, poblaciones de Mulliken) en términos de los fragmentos químicos que constituyen la molécula.
- Determinación de la carga atómica utilizando los análisis de Hirshfeld y Voronoi además del clásico análisis de población de Mulliken.
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Para obtener más información sobre los cambios
introducidos en cada una de las versiones podéis consultar la
página de Scientific Computing & Modeling
(SCM).
- Utilización
- Para ejecutar ADF es necesario cargar las variables de entorno mediante el módulo correspondiente. Podeis consultar las versiones disponibles haciendo
- module avail adf
- y cargar la versión deseada con
- module load adf/versión
- Por ejemplo, si quereis ejecutar la versión paralela del ADF2005.01b se debería cargar
- module load adf/2005.01b_par
- Si
siempre utilizais la misma versión, para más comodidad, podeis incluir
esta sentencia en vuestro .cshrc o .profile. No obstante,
recordad cargar el correspondiente módulo si quereis cambiar
puntualmente de versión.
- El programa ADF se ejecuta con la instrucción
siguiente:
instrucción_llamada [path/]run
donde instrucción_llamada es alguna de las listadas en la tabla anterior, según la versión que se desee utilizar (adf2005.01b, adf2004.01, etc...). Y run es un script realizado en shell donde se llama al ejecutable adf pasándole los parámetros del cálculo.
En el directorio /usr/local/examples de cada una de las máquinas (y para las diferentes versiones) encontraréis ejemplos de ficheros para enviar al batch utilizando la versión secuencial o la paralela.
En caso que queráis ejecutar el ADF en versión paralela es necesario que os pongáis en contacto con nosotros.
- Ejemplos
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En el directorio /prod/ADF/ADFversio/examples/adf encontraréis un conjunto de ejemplos sencillos del script run que cubren todas las funcionalidades del programa.
- Documentación
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Los manuales del programa se pueden consultar en-línea en formato HTML o bien obtener una versión imprimible en formato Word o RTF en la sección de documentación de SCM.
Encontraréis más información sobre el ADF en su homepage.