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Amber 
Amber es el nombre colectivo de un conjunto de programas de modelado molecular (Molecular Mechanics/Molecular Dynamics) para la simulación biomolecular que utiliza el campo de fuerzas Amber.
Accesibilidad
Se dispone de las siguientes versiones:
| Máquina | Versiones disponibles |
Versión Paralela |
Localización |
| Altix |
Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 |
| Amber 8 | SI | /prod/AMBER/amber8 |
|
| GS1280 |
Amber 5.01 | NO | /prod/AMBER/amber501 |
| Amber 6 | NO | /prod/AMBER/amber6 | |
| Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 | |
| Amber 8 | SI | /prod/AMBER/amber8 | |
| beowulf |
Amber 5.01 | NO | /prod/AMBER/amber501 |
| Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 | |
| HPC320 |
Amber 5.01 | NO | /prod/AMBER/amber501 |
| Amber 6 | NO | /prod/AMBER/amber6 | |
| Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 | |
| Amber 8 | SI | /prod/AMBER/amber8 | |
| HP N4000 |
Amber 5.01 | NO | /prod/AMBER/amber501 |
| Amber 6 | NO | /prod/AMBER/amber6 | |
| Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 | |
| HP V2500 |
Amber 5.01 | NO | /prod/AMBER/amber501 |
| Amber 6 | NO | /prod/AMBER/amber6 | |
| Amber 7 | SI | /prod/AMBER/amber7 |
Descripción
El conjunto completo de aplicaciones de Amber incluye un grupo
de programas preparatorios (Leap y Protonate), programas de
cálculo de energías (Sander, Sander_Classic, Gibbs,
Nmode, Roar y Pmemd) y programas de análisis (Anal, Carnal,
Ptraj, Nmanal/Lmanal y Mm-Pbsa).
Las principales funcionalidades de los programas de cálculo de energías son:
Sander
Es el programa básico de minimización de la energía, dinámica molecular y cálculo de refinamientos RMN. Proporciona protocolos estándar para la minimización y la dinámica molecular y se puede utilizar para realizar cualquier tipo de cálculo excepto los cálculos de energía libre.
En todas las versiones de Amber.
Para la versión Amber 8, el Dr. Roberto Gomperts, Principal Scientist en SGI, ha preparado un parche que mejora significativamente el rendimiento de las simulaciones Generalized Born (GB) en máquinas con procesadores Itanium2. Este parche se ha aplicado en la versión compilada en el Altix 3700. Se puede encontrar más información sobre este parche en el apartado Amber-related links de la propia página de Amber.
Sander_Classic
Es una versión modificada del módulo Sander de la versión Amber 5 que ha sido especialmente optimizada para la ejecución paralela en un Cray T3D/T3E y que incorpora el código One-Window Free Energy Grid (OWFEG) para la optimización de sistemas ligando/inhibidor.
Sólo en la versión Amber 6.
Gibbs
Es el módulo que se encarga de los cálculos de la energía libre entre dos estados. La energía libre se calcula mediante una serie incremental de pasos que conectan los dos estados físicos a través de un serie de estados intermedios que no son necesariamente estados físicos.
Sólo en las versiones Amber 5, 6 y 7.
Nmode
Este módulo permite calcular los modos normales de vibración así como numerosas propiedades termoquímicas del sistema.
En todas las versiones de Amber.
Roar
Es una versión del programa Sander que incorpora nuevas funcionalidades que no se encuentran en este módulo. El cambio principal es la posibilidad de definir parte del sistema como una sección de mecánica cuántica de manera que se puedan realizar cálculos híbridos.
Sólo en las versiones Amber 5 y 7.
Pmemd
Es una nueva versión del programa Sander que ha sido pensada para mejorar el resultado de las minimizaciones y simulaciones dinámicas moleculares de Particle Mesh Ewald (PME). Es de gran utilidad para las simulaciones de dinámica molecular de sistemas altamente solvatados de largos periodos de tiempo.
Sólo en la versión Amber 8.
UtilizaciónLas principales funcionalidades de los programas de cálculo de energías son:
Sander
Es el programa básico de minimización de la energía, dinámica molecular y cálculo de refinamientos RMN. Proporciona protocolos estándar para la minimización y la dinámica molecular y se puede utilizar para realizar cualquier tipo de cálculo excepto los cálculos de energía libre.
En todas las versiones de Amber.
Para la versión Amber 8, el Dr. Roberto Gomperts, Principal Scientist en SGI, ha preparado un parche que mejora significativamente el rendimiento de las simulaciones Generalized Born (GB) en máquinas con procesadores Itanium2. Este parche se ha aplicado en la versión compilada en el Altix 3700. Se puede encontrar más información sobre este parche en el apartado Amber-related links de la propia página de Amber.
Sander_Classic
Es una versión modificada del módulo Sander de la versión Amber 5 que ha sido especialmente optimizada para la ejecución paralela en un Cray T3D/T3E y que incorpora el código One-Window Free Energy Grid (OWFEG) para la optimización de sistemas ligando/inhibidor.
Sólo en la versión Amber 6.
Gibbs
Es el módulo que se encarga de los cálculos de la energía libre entre dos estados. La energía libre se calcula mediante una serie incremental de pasos que conectan los dos estados físicos a través de un serie de estados intermedios que no son necesariamente estados físicos.
Sólo en las versiones Amber 5, 6 y 7.
Nmode
Este módulo permite calcular los modos normales de vibración así como numerosas propiedades termoquímicas del sistema.
En todas las versiones de Amber.
Roar
Es una versión del programa Sander que incorpora nuevas funcionalidades que no se encuentran en este módulo. El cambio principal es la posibilidad de definir parte del sistema como una sección de mecánica cuántica de manera que se puedan realizar cálculos híbridos.
Sólo en las versiones Amber 5 y 7.
Pmemd
Es una nueva versión del programa Sander que ha sido pensada para mejorar el resultado de las minimizaciones y simulaciones dinámicas moleculares de Particle Mesh Ewald (PME). Es de gran utilidad para las simulaciones de dinámica molecular de sistemas altamente solvatados de largos periodos de tiempo.
Sólo en la versión Amber 8.
La mejor manera de iniciarse en el uso del programa es consultar
el manual que también se puede
encontrar en format pdf en el subdirectorio 'doc' de cada
versión.
Además, es muy recomendable consultar el tutorial incluido en la documentación del programa.
EjemplosAdemás, es muy recomendable consultar el tutorial incluido en la documentación del programa.
En el directorio '/usr/local/examples' de todas las
máquinas encontraréis dos ficheros de ejemplo para enviar
trabajos amber al batch, amberX.lsf y
amberX.lsf y amberX_parallel.lsf (donde X es
el número de la versión que deseéis utilizar).
También podéis consultar los ejemplos del subdirectorio 'test' de cada versión. Requieren poco tiempo de CPU e ilustran todas las posibilidades del conjunto de programas.
DocumentaciónTambién podéis consultar los ejemplos del subdirectorio 'test' de cada versión. Requieren poco tiempo de CPU e ilustran todas las posibilidades del conjunto de programas.
Se puede encontrar más información en la página de Amber.
