Benvinguda
GROMACS 
GROMACS és un programa de simulació de dinàmica molecular que utilitza les equacions Newtonianes del moviment per a sistemes de centenars a mil·lions de partícules. Es distribueix de forma gratuïta sota una GNU General Public License.
Accessibilitat
Es disposa de les següents versions:
| Màquina | Versió | Versió Paral·lela | Comanda de
crida |
| Altix (obacs) | 3.3.1 |
SÍ |
grompp mdrum |
| CP4000 (cadi) | 3.3.1 |
SÍ |
grompp mdrum |
Descripció
GROMACS va ser especialment dissenyat per realitzar
simulacions de molècules bioquímiques, com
ara les proteïnes i els lípids, amb un gran
nombre d'interaccions. Tot i que donada la seva gran
rapidesa, també s'utilitza per fer simulacions de
molècules no biològiques com ara els
polímers.
GROMACS conté els algorismes comuns que hom espera trobar en una execució de dinàmica molecular moderna. Però a més incorpora altres funcionalitats:
Si voleu obtenir informació més detallada sobre aquest programa visiteu la secció de característiques a la pàgina de GROMACS.
GROMACS conté els algorismes comuns que hom espera trobar en una execució de dinàmica molecular moderna. Però a més incorpora altres funcionalitats:
- Tots els programes utilitzen una interfície senzilla amb opcions de la línia de comandes per als fitxers d'entrada i de sortida. També té integrada una interfície gràfica d'usuari disponible per tots els programes.
- Mentre s'executa la simulació, GROMACS informa contínuament fins on ha arribat, i quin dia i a quina hora preveu que finalitzarà.
- Tant els fitxers d'entrada com les trajectòries poden ser llegits per qualsevol versió de GROMACS, fins i tot si va ser compilat utilitzant una precisió diferent de coma flotant.
- GROMACS conté una gran selecció d'eines flexibles per a l'anàlisi de trajectòries.
- Inclou un visualitzador bàsic de trajectòries. A més diverses eines externes de visualització poden llegir els formats dels fitxers GROMACS.
- El paquet inclou un constructor topològic de proteïnes totalment automatitzat, fins i tot per a estructures multimèriques.
Si voleu obtenir informació més detallada sobre aquest programa visiteu la secció de característiques a la pàgina de GROMACS.
Utilització
Per tal d'utilitzar GROMACS cal carregar les variables
d'entorn mitjançant el mòdul corresponent. Es
pot trobar més informació de l'entorn de
mòduls a la secció
Environment Modules.
La millor manera d'iniciar-se a l'ús del programa és consultar les referències en línia. A més, tots els programes disposen de les pàgines man. Finalment, l'opció -h us proporcionarà les instruccions d'utilització per a cada programa.
També és molt recomanable consultar el manual.
Per a l'execució de la dinàmica mol·lecular, en primer lloc s'ha de crear el fitxer input .tpr mitjançant la comanda:
grompp -v
És necessari que en el directori de treball hi siguin els fitxers d'entrada del nostre sistema a simular: .mdp, .top i .gro. Hi ha programes com el What If que permeten generar inputs de Gromacs.
A continuació es pot executar la simulació amb la comanda:
mdrun -v
Per visualitzar els resultats de la simulació pot utilitzar-se el programa VMD o altres com el Rasmol, gOpenMol, PyMol... Per a més informació de quins programes permeten analitzar els resultats de Gromacs consulteu la seva pàgina web.
La millor manera d'iniciar-se a l'ús del programa és consultar les referències en línia. A més, tots els programes disposen de les pàgines man. Finalment, l'opció -h us proporcionarà les instruccions d'utilització per a cada programa.
També és molt recomanable consultar el manual.
Per a l'execució de la dinàmica mol·lecular, en primer lloc s'ha de crear el fitxer input .tpr mitjançant la comanda:
grompp -v
És necessari que en el directori de treball hi siguin els fitxers d'entrada del nostre sistema a simular: .mdp, .top i .gro. Hi ha programes com el What If que permeten generar inputs de Gromacs.
A continuació es pot executar la simulació amb la comanda:
mdrun -v
Per visualitzar els resultats de la simulació pot utilitzar-se el programa VMD o altres com el Rasmol, gOpenMol, PyMol... Per a més informació de quins programes permeten analitzar els resultats de Gromacs consulteu la seva pàgina web.
Exemples
Al directori /usr/local/examples de totes les
màquines trobareu dos fitxers d'exemple
(gromacs.lsf i gromacs_mpi.lsf) per
enviar treballs al batch de forma seqüencial i
paral·lela respectivament.
Documentació
Podeu trobar més informació a la
pàgina de GROMACS.
