Benvinguda
Catalyst - Servei de Cerca de Farmacòfors
El Servei de Cerca de Farmacòfors (SCF) és un servei pensat per atendre les necessitats de la recerca en el camp del disseny de fàrmacs.
El programa Catalyst d'Accelrys té la capacitat de definir i cercar farmacòfors (patrons) en bases de dades d'estructures químiques tridimensionals de compostos d'interès biològic.
Ha estat possible gràcies a un ajut del CIRIT concedit al projecte presentat conjuntament per l'IMIM, la UPC, Lab. Almirall-Prodesfarma, Lab. Dr. Esteve, Lab. Menarini i el CESCA.
Els usuaris de l'SCF, tant industrials com acadèmics, tenen la seva representació en el Grup d'Usuaris del Servei de Cerca de Farmacòfors (GUSCF) .
- Descripció
-
Es tenen llicenciats els següents mòduls del programa:
-
- Visualizer: informació, helps, etc. (2 llicències) - Compare: visualització d'estructures (2 llicències) - DB-Server: cerca en bases de dades - HypoGen: generació d'hipòtesis - HipHop: generació d'hipòtesis - Info: creació de bases de dades - ConFirm: generació de confòrmers - Shape: cerques 3D per identificar substàncies amb estructures similars I es disposa de les següents bases de dades:
- Available Chemical Directory (ACD): 266.812 compostos - Derwent World Drug Index : 48.405 compostos - BioByte (Pomona College) : 24.416 compostos - National Cancer Institute : 98.868 compostos - Maybridge : 47.045 compostos - SPECS : 255.000 compostos - ChemDiv New Chemistry : 95.209 compostos - ChemDiv Discovery Chemistry : 279.117 compostos - Jubilant Kinasa : 2.000 compostos (versió avaluació) - NatDiverse : 7.046 compostos - Aurora : 29.263 compostos - IBS : 384.771 compostos Catalyst té dos motors de cerques, el de les estructures tridimensionals i el de les dades relacionals. El primer funciona sobre una estació de treball HP xw8000 amb 2 processadors Xeon 3,2 GHz, 4 GB de memòria principal i 73 GB en disc i sistema operatiu Linux RedHat WS 3.0, mentre que les dades relacionals es troben al servidor de bases de dades HP rp5430 amb 2 processadors PA8700 a 750 MHz, 8 GB de memòria principal amb sistema operatiu HP-UX 11i i Oracle 9i.
Per a més informació podeu accedir a la pàgina d'Accelrys.
- Utilització
-
Es necessari que sempre es faci la reserva prèvia a través del sistema electrònic de reserves.
La interfície gràfica del Catalyst 4.10 es troba instal·lada a l'estació de treball HP xw8000 encantat.
El programa es crida amb la comanda 'catalyst'.
- Documentació
-
Al Centre es disposa del manual Catalyst Tutorials, que és una introducció guiada a les possibilitats del programa. A més, la interfície gràfica també disposa d'un help on line molt complet.
